Om 07.00 uur vertrok de tweede golf aanvalsvliegtuigen naar Oahu. Deze bestond uit 54 Kate bommenwerpers welke naast een 250 kg zware bom, ook 60 kg bommen mee hadden. Verder waren er 78 Val duikbommenwerpers met elk een 250 kg bom onder de romp. Als bescherming en als aanvalsvliegtuig over vliegvelden, waren er 36 Zero’s aan toegevoegd.

Zowel van de start als de inzet van de Tweede golf, wordt in 'Tora! Tora! Tora!' geen melding gemaakt. De eerste en tweede aanvalsgolf zijn in de film als één samengevoegd. De enige reverentie aan ‘golven’ is aan het einde van de film, als Lt. Mitsuo Fuchida terugkeert aan boord van de Akagi, vraagt waarom de ‘volgende golf’ niet is vertrokken (zonder er een nummer aan te geven, al bedoelt Fuchida de ‘derde’ die niet vertrok, maar daarover later meer).

Commandant van de Eerste golf, Lt. Mitsuo Fuchida bleef zolang mogelijk in de buurt van Pearl Harbor om de schade aangebracht door zijn vliegers goed te kunnen waarnemen. Fuchida had zijn eigen aanval zolang mogelijk uitgesteld, en of hij doel had getroffen durfde hij achteraf niet te zeggen. Op 5000 meter liet hij zijn Kate rondcirkelen, tot hij rond 08.40 uur hoorde dat de Tweede aanvalsgolf nadere. Commandant Fuchida had gehoopt dat de Tweede golf eerder zou aankomen, maar ze waren later dan gepland, en de Eerst golf moest terug, de brandstof was beperkt. Om te misleiden vloog de Eerste golf via verschillende routes retour. Maar Fuchida moest rechtstreeks terug vanwege tekort aan brandstof. Onderweg pikte zijn Kate enkele Zero jagers op. De jagers vlogen zonder radio, of met radio’s die slechts een kort bereik hadden, en zouden zonder de bommenwerpers de vliegdekschepen moeilijk kunnen terug vinden. Er was ook absolute radiostilte, en zo kon het gebeuren dat enkele vliegtuigen vroegen naar de positie van hun schip, en geen antwoord kregen en, tot hun brandstof op was, later zouden neerkomen in zee.

Om 08.54 uur arriveerde de Tweede aanvalsgolf over Pearl Harbor. Deze Japanse vliegers zullen geschokt hebben opgekeken bij de aanblik van de enorme ravage aangericht door de Eerste aanvalsgolf. Hun voorgangers hadden goed hun best gedaan, en zij waren ook zeker van plan hun opdracht goed uit te voeren. De bemanningen in de bommenwerpers zagen gelijk een zeer aantrekkelijk doelwit, de USS Nevada, welke langs 'Battleship Row' voer.

Zonder hulp van sleepboten, manoeuvreerde de USS Nevada richting de havenmond van Pearl Harbor. Het was al een wonder dat het binnen zo'n korte tijd vertrekken kon, normaal was daar zo’n dikke drie uur voor nodig, maar ook zonder de minimaal vier sleepboten was helemaal een knap stuk werk. Rond 09.00 uur, ter hoogte van de USS California kreeg de USS Nevada opdracht, via vlagsignalen, te stoppen. De admiraliteit zag in dat de USS Nevada wel eens de gehele havenmond kon blokkeren. De USS Nevada gaf gehoor aan het verzoek. Ook de aanstormende Japanners realiseerden direct, dat als ze dit schip konden stoppen, dan was de havenmond geblokkeerd, zodat geen enkel schip eruit kon. Vanaf de USS Pennsylvania die aan de andere zijde in dok lag, zag men vanuit het zuidoosten 15 bommenwerpers aankomen. Tien besloten ervan de aanval op de USS Nevada uit te voeren. Vijf bommen sloegen binnen enkele minuten in het slagschip. Mannen die aan de voorzijde stonden om het anker uit te werpen werden overboord geblazen, en de ankerlieren werden onbruikbaar geslagen.

De kapitein besloot nog een stukje door te zetten, en het schip aan de grond te zetten nabij het drijvende dok waarin de torpedobootjager USS Shaw (DD-373) in onderhoud lag (samen met de oude sleepboot USS Sotoyomo (YT-9). De USS Shaw was rond 09.00 uur getroffen door drie bommen, en er woedde een oncontroleerbare brand aan de voorzijde van het schip. Er was toen al opdracht gegeven de USS Shaw te evacueren.

In 'Tora! Tora! Tora!' wordt gesuggeerd dat Mitsuo Fuchida rond 09.00 uur nog in de buurt van de USS Nevada zou hebben gevlogen, maar Fuchida was vertrokken, toen de Tweede aanvalsgolf naderde.

Toen de USS Nevada haar boeg de grond raakte, draaide het schip rond, waardoor weer het gevaar liep dat het schip de zaak zou gaan blokkeren. De USS Nevada lag opeens weer met de boeg naar het westen waar ze vandaan kwam. Ze was nog maar net tot rust gekomen, toen de USS Shaw rond 09.30 uur met een enorme explosie uit elkaar spatte. Brokstukken kwamen overal neer, waaronder ook op de al geteisterde USS Nevada. Het dok waarin de USS Shaw lag, zonk deels, en de oude Sotoyomo raakte zwaar beschadigd. Minstens 24 bemanningsleden van de USS Shaw kwamen om het leven. Enkele sleepboten snelden de USS Nevada te hulp, en met hun hulp wist men het logge slagschip los te krijgen, en naar de overkant van de havenmond te slepen, om het daar aan de grond te zette. Overal woedden branden aan boord van de USS Nevada, waarvan die aan de voorzijde twee dagen aan zou houden voor men die onder controle kreeg.

Aan boord van de USS Nevada waren bijna 1500 man. Hiervan zouden 50 officieren en manschappen omkomen tijdens de Japanse aanval. Twee mannen zouden de Medal of Honor ontvangen; Chief Boatswain Edwin J. Hill en Captain Donald Kirby Ross. Joseph Hill zorgde er onder andere voor dat de kabels los kwamen bij de kade, zodat de USS Nevada achter de USS Arizona weg kon komen. Nadat hij de kabels had los gemaakt, zwom Hill terug naar de USS Nevada. Toen later de bommen vielen op het slagschip, viel er één nabij de lieren voor de ankers aan de voorzijde, onder de mannen die daar omkwamen, was ook Edwin Hill. Captain Ross was tijdens de aanvallen van de Japanners bezig in de dynamo ruimtes, aan de voor-en achterzijde van het schip. Hij stuurde de meeste mannen daar weg vanwege de sterke rook ontwikkeling. Ondanks dat Ross een paar maal flauw gevallen naar buiten moest worden gebracht, ging hij steeds weer terug naar zijn post.

De olie aan boord van USS Nevada moest uit de tanks gepompt worden, en hiertoe werden de eigen pompen van de USS Nevada gebruikt. Maar om de aansluitingen te maken, ging één man onder water de aansluitingen maken. Dit moest op de tast, vanwege het zwarte water, maar het lukte hem. Tijdens het leegpompen van de tanks, raakten verschillende mannen ziek van ontsnappend gas. Op 7 februari 1942 draaide een officier een dop los van een filtertester in de stuurhut, waardoor er gas vrij kwam in de stuurhut. Hij raakte buiten bewustzijn, en de zes man die hem wilden helpen werden ook onwel. De officier en een andere zouden later sterven aan de gevolgen. Onderzoek wees uit dat het gas waterstofsulfide, soms zwavelwaterstof genoemd, was. Het was ontstaan in het sterk vervuilde water dat onder druk had gestaan. Op 12 februari was de USS Nevada weer drijvende en kon versleept naar een droogdok voor reparaties.

Hoe ongelooflijk het misschien klinkt, maar de USS Shaw werd ook weer geheel gerepareerd, en nam weer escorte werk op zich vanaf 31 augustus 1942. Constant aan het werk tot het einde van de oorlog, werd ze op 2 oktober 1945 uit de vaart genomen en in juli 1946 gesloopt.

Aangezien de 'Battleship Row' geheel ondergedompeld was in dikke rook en brandende olie op het water, kwamen weinig bommen van de Tweede aanvalsgolf op de slagschepen neer. De dikke rook beschermden de USS California, de USS Maryland en de USS Tennessee voor nog grotere schade. Wel werd de USS West Virginia weer getroffen en onderging een enorme explosie welke het gehele schip leek op te tillen uit het water. Direct gevolgd door een bom aan stuurboordzijde welke een bemanning van een kanon uitschakelde.

Maar andere doelen, als de USS Nevada en de aan de oostkant gelegen marine dokwerken, kregen nu veel meer de aandacht. Niet alleen de USS Shaw kreeg in het dok te maken met bommen, ook de iets verder in dok No.1 liggende USS Pennsylvania (BB-38) werd een aantrekkelijk doelwit voor Japanse vliegtuigen. De USS Pennsylvania lag samen in één droogdok met de torpedobootjagers USS Downes (DD-375) en USS Cassin (DD-372), welke de laatste twee gebroederlijk naast elkaar vóór het grote slagschip lagen. Zo groot als het doel de USS Pennsylvania was, zo slecht konden de Japanse vliegtuigen er bommen op gooien. Vanaf het eerste begin, had het luchtdoelgeschut vanaf het schip de Japanners onder vuur genomen.

Omdat de USS Pennsylvania in dok lag, was ze al ontsnapt aan de torpedo’s, en ook in het dok kreeg ze slechts één voltreffer. Deze viel midscheeps aan stuurboord en schakelde enkele 127mm kanonnen uit. Maar de USS Downes en USS Cassin kregen de volle laag. Niet alle bommen die op deze schepen gericht waren troffen doel, maar de nabij vallende bommen, sloegen gaten in de dunne romp, waardoor scheepsolie naar buiten liep en vlam vatten. De hete vuren rond deze schepen deden één of wellicht twee torpedo’s aan boord van de USS Downes exploderen, waardoor een enorm gat in de romp sloeg. Eén van de lanceerbuizen schoot los naar achteren, en delen ervan sloegen in het voorkasteel van de USS Pennsylvania. Al vrij vroeg in de aanval, had men besloten om het dok onder water te zetten. Er waren enkele torpedo’s op afgeschoten, en om de deuren van het dok te redden, probeerde men zoveel mogelijk water binnen te laten. Als de deuren zouden bezwijken, dan zou het binnenstromende water de USS Pennsylvania tegen beide torpedobootjagers opstuwen, met alle gevolgen van dien. Maar met het rijzende water, kwam de USS Cassin los van de draagbeunen en viel daarna om, tegen de USS Downes. De vuurzee over de torpedoboten, schroeide ook de USS Pennsylvania, maar die kwam er met relatief lichte schade vanaf.

Op de Er waren USS Pennsylvania waren 29 bemanningsleden, inclusief de tweede officier, omgekomen en 38 gewonden te betreuren. Een opvallende actie kwam van George Walters, een scheepwerf medewerker die een grote kraan naast het slagschip bediende. Walters reed de kraan op en neer langs het droogdok, dit om de Japanse vliegtuigen het zicht te benemen en in verwarring te brengen. Alles bij elkaar kwam de USS Pennsylvania er zonder veel kleerscheuren vanaf. Op 20 december vertrok de USS Pennsylvania naar San Francisco, waar ze op 29 december aankwam. Hier werden de reparaties uitgevoerd, die tot 30 maart 1942 duurden.

---