Verschillende andere jachtcommandanten die ook op non-actief waren gezet werden opgeroepen om in de eenheid van Galland, Jagdverband 44, plaats te nemen. Hieronder was dus ook 'Mäcki' Steinhoff, een Luftwaffe held van het eerste uur, met op dat moment 170 overwinningen op zijn naam. Steinhoff bleek ook met de Me 262 goed overweg te kunnen, en behaalde nog zeven extra overwinningen met deze jager. Steinhof was al elf maal neergeschoten, en had slechts eenmaal gebruik gemaakt van zijn parachute, want hij vertrouwde deze dingen niet. Tot het op 18 april 1945 helemaal mis ging. Op deze dag kreeg hij een klapband op het vliegveld van München-Riem, waarop zijn Me 262 tegen de grond sloeg en in brand vloog. De wonden die Steinhoff daarbij opliep, zouden zijn uiterlijk voorgoed veranderen. Hij verbleef twee jaar in een ziekenhuis, waar in die tijd zijn oogleden gereconstrueerd werden door een Britse chirurg. Na de oorlog hield Steinhoff zich actief bezig met de heropbouw van de Luftwaffe. Toen de F-104 Starfighter in Duitsland vaak crashte, stelde hij een onderzoek in waaruit bleek dat het niet aan het toestel lag, maar aan de training van de piloten voor en met dit vliegtuig. nadat hij adviseerde de trainingen zwaarder te maken, ging het aantal ongelukken drastisch naar beneden.

Galland zijn JV 44 werd ondergebracht op Brandenburg-Briest, 45 km ten westen van Berlijn. Galland hoopte daar assistentie te krijgen van JG 7, maar dit werd gedwarsboomd door Galland zijn opvolger, General der Jagdflieger, Oberst Gordon Gollob, welke een grote aversie koesterde tegen de flamboyante Galland. Galland had vooral gehoopt dat er vliegers uit JG 7 over zouden stappen naar zijn JV 44. Toen dit werd tegengehouden, moest Galland terugvallen op de in ongenade gevallen piloten, gewonde vliegers ontslagen uit ziekenhuizen, en verse rekruten.

Maar geleidelijk aan stroomden steeds meer volwaardige piloten binnen, omdat toch de naam Galland aan de eenheid was verbonden. Normaal gesproken zou de eenheid naar de leider van de eenheid worden genoemd, Kommando Galland, maar vanwege zijn ‘recente verleden’, werd hem dit verboden. Hierop koos Galland voor de naam Jagdverband 44 (ingegeven naar het schijnt, het jaar van de ineenstorting van ‘zijn’ Jagdwaffe, de helft van zijn eerste eenheid, Legion Condor 3J./88, en ook de titel van Adolf Hitler zou een verwijzing bevatten in JV 44).

JV 44 opende zijn luchtoverwinningen met het neerschieten van een Sovjet Il-2 Sturmovik jachtbommenwerper, door Oberst Steinhoff. Op 31 maart verplaatste Galland JV 44 naar München-Riem, om de Messerschmitt fabrieken te kunnen beschermen. Ondanks een vernietigend rapport van Gollob, trok Galland zich daar niets van aan, hij liet het gekissebis over aan het ver weg gelegen Berlijn. Op 4 april werd de eerste overwinningen behaald op Amerikaans vliegtuig, een P-38 werd geramd, door verkeerde inschatting van de snelheid, door Unteroffizier Eduard Schallmoser. De volgende dag werd de eerste B-17 neergehaald, toen vijf Me 262’s de aanval openden, en Steinhoff de overwinning op eiste. Maar nu JV 44 dicht op de Messerschmitt fabrieken waren gestationeerd, werden ook zijn doelwit voor de Geallieerde aanvallen vanuit de lucht. Tijdens grondaanvallen en bombardementen gingen veel Me 262’s verloren. Maar deze konden vaak weer snel vervangen worden door nieuwe straaljagers. Ook de aanvoer van piloten ging gestaag verder. Ook Experte Oberst Günter Lützow kreeg toestemming om naar JV 44 te gaan, net als de op één na hoogst scorende aas, Majoor Gerhard Barkhorn, met 301 overwinningen (de aas met de hoogste score, Erich Hartmann koos er voor in het oosten te blijven). Ook Hauptmann Walter Krupinski, met 195 'zuigermotoren' overwinningen, wist bij JV 44 nog twee toe te voegen met de Me 262.

Een opvallende toevoeging diende zich aan in de vorm van Major Wilhelm ‘Willi’ Herget. Herget, een nachtjager-aas met 57 overwinningen, kwam het JV 44 versterken met de Me 262A-1a/U4 welke uitgerust was met het formidabele 50mm Rheinmetall Mauser (MK 214) BK 5 kanon (zie hieronder en lager). Hij had met dit toestel testvluchten gemaakt vanaf Lechfeld, maar het is niet zeker of hij daadwerkelijk er een overwinning mee geboekt heeft.

Galland maakte gebruik van de R4M raketten, waarmee hij op 16 april 1945 twee B-26 Marauder bommenwerpers neerhaalde. Twee dagen later verloor Galland zijn trouwe metgezel Steinhoff toen deze een klapband kreeg en verongelukte waarbij Steinhoff bijna verbrandde in de zee van vuur die daarop volgde (zoals al eerder boven aangehaald). In de dagen die volgden werden meer B-26's neergeschoten en beschadigd, waaronder ook weer één door de 'jet-rammer' Eduard Schallmoser. Zijn Me 262 raakte daarbij zo beschadigd dat hij in de buurt van München moest springen. Hij landde aan zijn parachute in de achtertuin van zijn ouderlijk huis!

Op 23 april werd JV 44 uitgebreid met meer Me 262's, toen toestellen van I./KG 51 en het III./EJG 2 van Major Heinz Bär de eenheid van Galland kwamen versterken. Hiermee kwam het aantal vliegwaardige Me 262's op meer dan veertig kisten (met het aantal dat in reparatie was, of op dat moment aangepast werden in Riem, zou dit aantal verdubbeld worden). Ondanks deze grote macht, was het concept van de straaljager nog steeds onbetrouwbaar. Dit ondervond Oberst Günter Lützow op 24 april toen hij tijdens het wegduiken voor P-47 jagers, niet meer uit de duikvlucht kon komen en het toestel explodeerde. Op 26 april schoot Galland wederom twee B-26's neer. Een P-47 die hem wist te benaderen schoot een lading .50 kogels in de rechtervleugel, en in het instrumentenpaneel, en een scherf trof Galland in de knie. Hij wist in een wolk te verdwijnen en koerste voorzichtig op Riem aan, waar hij een noodlanding maakte terwijl Amerikaanse jachtbommenwerpers het vliegveld aanvielen. Galland wist zijn Me 262 te verlaten en te schuilen in een bomkrater. Zijn laatste vlucht in de oorlog was gemaakt, en Heinz Bär nam het commando over van JV 44.

Op 28 april verhuisde JV 44 (dat toen juist op papier IV./JG 7 heette) naar Salzburg-Maxglan, Oostenrijk. Heinz Bär vloog in deze periode in de aangepaste Me 262A-1a/U1, welke was uitgerust met twee extra neuskanonnen, waarmee hij zes vuurmonden aan de voorzijde had, 2 X de standaard MK 108 30mm, 2 X Mg-151 20mm en 2 X MK 103 30mm. Op 29 april schoot Heinz Bär met dit toestel het laatste slachtoffer welke JV 44 zou maken, een P-47 boven Bad Aibling. Op 4 mei 1945 was het voorbij toen tanks van de US 20th Armored Division Maxglan rolden. Major Walter Krupinski vernietigde zelf de motoren van de overgebleven 15 Me 262's met handgranaten. JV 44 zou zesenvijftig overwinningen hebben gemaakt.

De versie Me 262A-1a/U1 was voorzien van twee 20mm MG 151, twee 30mm Mk 108 en twee 30mm Mk 103 kanonnen in de neus. Als nachtjager werd de Me 262A-1a/U2 voorgesteld. Toestel V056 werd uitgerust met de nodige antennes op de neus, welke in verbinding stonden met de FuG 218 'Neptune' 158-185 radar set. Aangezien al snel bleek dat de werkdruk voor de piloot veel te groot werd, werd aangeraden aan tweezitter te bouwen waarin een radarbediener een plaatsje kon vinden. Dit zou later ontwikkeld worden tot de Me 262B-1a/U1. Deze tweezitter versie werd ook voorzien van de FuG 218 radar en twee Mk 108A-3 30mm kanonen, en twee MG 151/20 20mm kanonnen.

Op 2 november 1944 werd met één Me 262A-1a/U2 (uitgerust met de FuG 226 'Neuling' IFF) en een standaard Me 262A-1A, het Kommando Welter opgericht om als onderdeel van 10.NJG 11 nachtjacht te gaan vervullen. Commandant Oberleutnant Kurt Welter was de hoogst scorende Me 262 aas, met 25 Mosquito's en vier andere Geallieerde bommenwerpers. Eind 1944 kreeg Welter meer toestellen en begon piloten te werven onder de nachtjagerstaffeln. Dat nachtvliegen gevaarlijk was bleek uit het feit dat binnen korte tijd drie vliegers verloren gingen door ongelukken. Eind februari 1945 werd de eenheid, van zes éénzitters, versterkt met zes tweezitters, de Me 262B-1a/U1 (ook wel 'Bertha's' genoemd). Door de hoge snelheid van de Me 262 waren de traag vliegende viermotorige RAF bommenwerpers lastig te onderscheppen. Al waren de Mosquito's kleinere vliegtuigen, ze waren 'lekkere' prooien om op te jagen. Daar de RAF meestal gebruik maakte van drie vaste aanvliegroutes op Berlijn, werden deze door de nachtjagers als 'perron 1, 2, of 3' aangeduid. Met het oprukken van de Sovjet troepen verplaatste de 10./NJG 11 zich steeds naar andere velden tot er op het laatst nog maar zes toestellen over waren en door de Britten zouden worden gevonden.

De Me 262A-1a/U4 werd ontwikkeld voor één ding, het vernietigen van bommenwerpers. Hiervoor was het uitgerust met een formidabel MK 214, of BK 5, 50mm kanon. Het kon veertig granaten per minuut afschieten (al had het maar voorraad voor 22). Er werden slechts twee prototypen gebouwd voor de Amerikaanse troepen op 29 april 1945 de fabriek in Augsburg overnamen. Eén van de prototypen, V083, kreeg de naam ‘Wilma Jeanne’, de naam van de vrouw van Colonel Harold Watson (het andere toestel, met werknr. 111899 werd door Major Herget gevlogen in JV 44, zie hoger). Watson was speciaal aangewezen om bij Messerschmitt zoveel mogelijk technologie weg te halen, en over te brengen naar de Verenigde Staten.

Voor V083 mee naar de VS zou worden verscheept, demonstreerde Karl Baur, een testpiloot van Messerschmitt, het toestel, en vuurde het kanon af welke een blijvende indruk achter liet bij de Amerikaanse onderzoekers, zo effectief als het kanon kon schieten. ‘Wilma Jeanne’ kreeg later de naam ‘Happy Hunter II’, maar zou kort daarop verongelukken toen tijdens de vlucht naar Cherbourg een turbineblad in één van de motoren het begaf.

Er was ook een verkenner variant, de Me 262A-1a/U3. Op de plaats van neusbewapening werden twee RB50/30 camera's gemonteerd. Bij sommige modellen werd er één kanon gehandhaafd, zodat de verkenner zich kon beschermen (zoals op onderstaande foto is te zien).

Een ander project betrof de Me 262A-2a/U2. De neusbewapening was verwijderd en vervangen door een glazen neus. Hier in was plaats voor een bommenrichter gecreëerd. Na één prototype, welke een buiklanding maakte, werd ook dit project gestopt.

Een afschrikwekkende versie had de Me 262B-2a moeten worden. Dit was de ultieme nachtjager. Met een verlengde romp voor extra brandstof en ruimte voor een 2de man in de cockpit, plus en de neus vier 30mm Mk 108 kanonnen en twee Mk 108 kanonnen in 'Schräge Musik' positie (achter uit de romp schuin omhoog staande kanonslopen) zou dit een toestel worden om rekening mee te houden. Voorzien van FUG218 radar apparatuur zou dit een dodelijk wapen zijn voor geallieerde bommenwerpers, als Duitsland niet tegen die tijd ineengestort was.

Er werd ook nog een test gedaan met raketten geassisteerde starts. Hiertoe werd een inwendige raketmotor in de romp geplaatst. Bij het prototype V 186, welke op Lechfeld werd getest door III./EJG 2, was er een R II-21/3 raketmotor gebruikt. Een ander testtoestel was uitgerust met de BMW 003 A-1 turbinemotoren, had als extra de BMW 109-718 vloeibare stof raketmotor en had de aanduiding Me 262C-2b. Op 26 maart 1945 maakte dit toestel haar eerste raket ondersteunde start. Beide raketondersteunde Me 262's stonden respectievelijk bekend als de 'Heimatschutzer I en II' (thuislandbeschermer I en II).

En zo kwam er een einde aan de eerste echte operationele straaljager. Verschillende werden buitgemaakt door de Geallieerden, en verscheept naar hun landen om daar getest te worden. De Geallieerden waren verbaasd hoe het toestel zijn tijd ver vooruit was. De Geallieerden waren blij met de nieuwe technieken die al snel navolging vonden in hun eigen straalvliegtuigen. De Me 262 vloog geweldig, maar had ook zijn lastig kanten. Vooral het 'spelen' met de gassen voor de beide motoren was niet gemakkelijk. In formatie vliegen was een onbegonnen zaak. 1433 Me 262's werden er geproduceerd. Een ongelofelijk aantal van 865 werden er in 1945 gebouwd terwijl heel Duitsland in brand stond. Storingen in de systemen, en met name de onbetrouwbare Jumo motoren, en later gebrek aan brandstof en goede piloten hielden de meeste Me 262 aan de grond.

Er is een blijvende discussie hoeveel overwinningen de Me 262 heeft behaald aan Geallieerde zijde. Sommige bronnen spreken over slechts 150 overwinningen, maar de meeste bronnen spreken over ruim 500 tegen een verlies van 100 Me 262's tijdens missies.

Wereldwijd zijn nog negen originele Me 262's te vinden en twee na de oorlog bij Avia in Tsjecheslowakije gebouwde S-92 (eenzitter) en CS-92 (tweezitter). Verder zijn er enkele vliegwaardige reproducties gebouwd bij 'Flying Legends' (later het 'Me 262 Project') in Everett in de staat Washington. De originele motoren, de Jumo 004, zijn vervangen voor de krachtiger en veel betrouwbaardere General Electric CJ610 motoren. De eerste reproductie, een tweezitter, vloog voor het eerst in december 2002, en een eenzitter in augustus 2005 (gebouwd voor de Messerschmitt Foundation). Verder is er een combi-toestel, welke in een handomdraai aangepast kan worden van een eenzitter naar een tweezitter. En er is een reproductie gebouwd die niet kan vliegen, maar als statisch model in een museum gezet kan worden.